2013 жылдың 11 қыркүйегінде Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президенті - Нұрсұлтан Назарбаевтың бастамасымен Атырау қаласында химия-биология бағытындағы Назарбаев Зияткерлік мектебі ашылды. Мектеп толық күн тәртібінде 800 оқушыға арналған. Мектеп жанындағы жатақханада 132 жатын орын қарастырылған.

Мектеп ашылған күннен бастап, 2013-2014 жылдар аралығында бірінші басшы лауазымын Әкімова Тавила Әдетқызы атқарған.

2014-2020 жылдар аралығында мектеп директоры қызметін Айдарбек Төлепұлы Айтпөкешев атқарды.

2020 жылдың қаңтарынан бастап 2022 жылдың тамызына дейін Атыраудағы Назарбаев Зияткерлік мектебінің директоры Ахмадиева Құралай Тілеубердіқызы.

2022 жылдың 1 тамызынан бастап Ерали Бижанов Атыраудағы Назарбаев Зияткерлік мектебінің директоры болып тағайындалды.

Зияткерлік мектеп үш тілде оқыту және білім берудегі теңдік саясатын ұстанады. Мектеп өзіне және айналасындағыларға құрмет көрсету, ынтымақтастық пен әріптестік орнату, сыртқы байланыстардың көмегімен қарым-қатынас жасаудың коммуникативтік дағдыларын қалыптастыру, жауапты азаматтық ұстаным, академиялық адалдық, өмір бойы білім алу және қоршаған ортаға ашықтық сияқты құндылықтарды дәріптейді.

2017 жылы мектеп Нидерландыдағы Халықаралық мектептер кеңесінен (CIS) халықаралық аккредитацияға ие болды.